Im Mai 1940, kurz nach der Annexion, führten die deutschen Besatzer ihr Unterrichtsprogramm ein, das sich sowohl methodisch als auch inhaltlich sehr vom belgischen Programm unterschied. Fortan genossen Leibeserziehung und Gesang Priorität, zum Nachteil der Kernfächer Rechnen, Lesen und Schreiben.
Dies hatte zur Folge, dass bei Kriegsende die Schüler aus den besetzten Gebieten einen erheblichen Lernrückstand aufwiesen im Vergleich zu denjenigen, die nach dem belgischen System unterrichtet worden waren.
Um diesen Lernrückstand aufzuarbeiten, schuf die belgische Regierung im hiesigen Raum einen neuen Schultypen. Dazu wurden vertrauenswürdige Lehrpersonen benötigt, die gewonnen wurden, indem die einstigen Kollaborateure innerhalb des Lehrkörpers entlassen wurden.
Durch Gesetzerlass vom 19. September 1945 wurden die sogenannten Ergänzungsschulen für Schüler mit Primarschulabschluss ins Leben gerufen. Vor diesem Hintergrund entstand in Eupen eine solche Ergänzungsschule. In der Hillstraße befand sich ein Patrizierhaus, das lange Zeit der Familie Fremerey gehört hatte. Nach dem 1. Weltkrieg ging das Haus an die Stadt Eupen und beheimatete einige Jahre die Gendarmerie. Während des 2. Weltkrieges verkaufte die Stadtverwaltung das Haus an den deutschen Staat, der das Haus zu Verwaltungszwecken nutzte.
Als der Krieg zu Ende war, wurde das Haus beschlagnahmt und beherbergte fortan die Ergänzungsschule ab dem 1. Februar 1946.
Die Leitung dieser Ergänzungsschule wurde Fräulein SCHOUVELER anvertraut. Aus dieser Ergänzungsschule sollte ab 1953 das Königliche Athenäum hervorgehen.

Am 2. Juli 1948 veröffentlichte das „Grenz Echo“ die Nachricht, der Unterrichtsminister in Brüssel habe den Beschluss gefasst, gewisse Ergänzungsschulen in Mittelschulen umzuwandeln. Tatsächlich erschien am 14. Juli 1948 im belgischen Staatsblatt ein Erlass des Prinzregenten, welcher die Schaffung einer Sekundarschule in Eupen vorsah; diese sollte aus einer Vorbereitungsabteilung (Primarklassen) sowie aus einem vollständigen Humanzyklus (Athenäum) bestehen.
Am 1. September 1948 trat Herr Camille ZACHARIAS seinen Dienst als Schulleiter an und behielt diese Position bis zu seiner Pensionierung im Dezember 1972.
Im Gründungsjahr umfasste die Schule in der Unterstadt 36 Schüler und 5 Lehrpersonen. Ein Jahr später, am 20. Juni 1949, erhielt die Lehranstalt die offizielle Bezeichnung als „Königliches Athenäum“.

In dem Schuljahr 1949 waren bereits 202 Schüler im KAE eingeschrieben, die von 19 Lehrpersonen unterrichtet wurden. Schnell wurde klar, dass das Gebäude den Anforderungen einer stetig wachsenden Schülerzahl nicht gerecht werden konnte, so dass im Jahr 1950 provisorische Räumlichkeiten in einem ehemaligen Museum in der Haasstraße bezogen wurden, um dort vier Klassen unterzubringen. Diese Lösung war jedoch unbefriedigend, sodass ein Neubau ins Auge gefasst wurde.
Schließlich wurde für das KAE ein Grundstück am Lascheterweg erworben. Bauunternehmer Moeris zog dort unverzüglich zwei provisorische Plattenbauten hoch, das waren die berühmt gewordenen „Baracken“, welche ursprünglich in der Strafanstalt  zu Verviers gestanden hatten. Im Schuljahr 1952-53 begann die Firma Wust mit den Ausschachtungsarbeiten; zu Ostern 1954 war es dann endlich soweit: 7 Primarschulklassen sowie die Humaniora-Abteilungzogen in das neue Gebäude am Lascheterweg ein. Trotzdem sollte noch keine Ruhe einkehren.
Schon 1955 wurde eine technische Abteilung angegliedert; kurz – das Athenäum hatte erneut akuten Platzbedarf. Werkstätten und Küchenzeilen fanden daher eine vorläufige Bleibe an der Aachener Straße. Zwischenzeitlich öffneten die Fröbelklassen ihre Pforten, die Abendschulklassen wurden ins Leben gerufen, ein Schulrestaurant eröffnet, ein Freundeskreis für bedürftige Schüler gegründet sowie ein Buch- und Materialverleih organisiert.

Ein neuer Engpass war vorprogrammiert, als die Stadt Eupen im August 1955 das Haus Fremerey in der Unterstadt für Eigennutzungszwecke beanspruchte, obwohl noch einige Primarschulklassen dort untergebracht waren. Am 27. August 1955 erhielt der damalige Studienpräfekt die Order, das Gebäude räumen zu lassen. Ein Schöffe in Begleitung eines Schlossers, weiterer Handwerker und der Polizei sollten dafür Sorge tragen, dass das Haus Fremerey geschlossen wurde.
Hastig mussten die dort verbliebenen Primarschulklassen ausziehen. Sie erhielten eine vorläufige Bleibe in einem Flügel der Unterstädter Militärkaserne.
An der Monschauer Straße erwarb man ein Grundstück und stampfte zwei Plattenbauten aus dem Boden. Einschreibungen wurden in einem sich auf der Baustelle befindlichen alten Wohnwagen vorgenommen.
Im Jahre 1960 erstand die Brüsseler Schulbehörde das ehemalige Hotel Weinberg im Bellmerin. Dort wurde ein Jungeninternat eingerichtet, das in den frühen Achtzigern zum Internat für junge Mädchen umfunktioniert wurde.

Nach dem Bau des Hauptgebäudes 1952-53 wurden die Bauarbeiten im Lascheterweg fortgesetzt und es entstand im Jahr 1956 das Atelier sowie später die Sporthalle mit integrierter Bühne.
Ab dem Schuljahr 1962-63 tauchten erneut Schaufelbagger und Presslufthammer im Lascheterweg auf: Der „blaue“ Flügel für naturwissenschaftliche und musische Fächer wurde erbaut und harmonisch an das inzwischen fast 10 Jahre alte Hauptgebäude angegliedert.
Zu Beginn des Schuljahres 1964-65 war das Gebäude am Lascheterweg endgültig fertiggestellt und in Betrieb genommen. Wenig später entstand auf der gegenüberliegenden Seite ein Gebäude, das die Primarschule beherbergen sollte.

Doch wieder plagten neue – alte – Sorgen den Schulleiter: 1964 waren die Schülerzahlen in der technischen Abteilung ebenfalls derart gewachsen, dass der Präfekt Camille ZACHARIAS sich genötigt sah, die Brüsseler Behörde aufzufordern, neue Baumaßnahmen einzuleiten und eine autonome, rein technische Staatsschule zu gründen.
1965 erwarb der Staat das Gelände des ehemaligen Sanatoriums für Lungenerkrankte am Eupener Kehrweg, und der Mathematiker Jules HÉBERT wurde als erster Schulleiter des neuen Staatlichen Technischen Instituts bestellt.
In der Zwischenzeit lag die Gesamtschülerzahl des KAE, d.h. Vorbereitungsabteilungen und Humaniora, schon bei über eintausend Kindern und Jugendlichen. Kurz nach der Gründung des STI verlor das Athenäum seine Primarschulfiliale an der Monschauer Straße, denn die Vervierser Hochschule für angehende Primarschullehrer hatte ihre Lehrtätigkeit auf Eupen ausgeweitet.
Zu diesem Zweck wurde eine so genannte Übungsprimarschule benötigt und da boten sich die Klassen in der Unterstadt als Partner geradezu an.
Am 1. September 1966 eröffnete das Athenäum seine neuen Fröbelklassen in den Zweckbauten der Hostert. Diese zentrale Lage war hervorragend, denn die Gebäude konnten bequem zu Fuß von einem Großteil der Schüler aus der Oberstadt erreicht werden.
Mitte der Neunzigerjahre fand die Hosterter Filiale dann eine neue Bestimmung: Das Ausbildungsprogramm des Arbeitsamts FOREM erteilte dort seine Fort- und Weiterbildungskurse.
Der große geistige Umbruch von 1968 zeigte auch erzieherische Konsequenzen, die im KAE zu beobachten waren, vorrangig im Fach Mathematik. Zu Beginn der Siebzigerjahre wurde die sogenannte moderne Mathematik gelehrt, und zwar die mathematischen „Schlüsselkompetenzen“ über nun andere Bezugspunkte.

Unter der Führung des Präfekten Edgard BREUER (1999-2014) und des Provisors Jean-Pierre MÜLLER erhielt das Gebäude des Königlichen Athenäums Eupen ein neues Gesicht. Die Primar- und Sekundarschule, welche fortan ihr Zuhause unter einem Dach finden sollten, wurde im Rahmen des Projektes Private Public Partnership (PPP) saniert und teilweise neu gebaut.
Zusätzlich zu der großen organisatorischen Herausforderung des Umzugs zog die Sekundarschule für die Hochphase der Bauarbeiten schließlich in die mittlerweile leerstehende Grundschule auf der gegenüberliegenden Straßenseite. Nach Fertigstellung des neuen Gebäudes machte sich das Duo sehr um die Digitalisierung verdient. Schulwebsite, interne und externe digitale Kommunikation, Anschaffung einer Vielzahl von Computern und interaktiven Tafeln für den Unterricht sowie entsprechende Schulungen für das Lehrpersonal waren beiden eine Herzensangelegenheit.
Der aktuelle Präfekt Etienne GENGLER ist ebenfalls überzeugt von der Wichtigkeit der neuen Technologien für die pädagogische Entwicklung der Schule und er erweitert die technische Ausrüstung der Schule regelmäßig (Tablets, digitale Tafeln, …).
Nichtsdestotrotz liegt es ihm am Herzen, dass die rasche und massive Entwicklung von technischen Geräten (sowohl privat als auch schulisch) das Wohlbefinden der Schüler nicht beeinträchtigt. Deswegen sorgt er in Zusammenarbeit mit dem Provisor Michael MCCREA dafür, dass sie eine gute Ausbildung im Bereich Informatik erhalten und Medienkompetenz entwickeln, natürlich immer im Einklang mit den schulischen Werten wie Respekt, Toleranz, kritische Meinungsbildung, Solidarität, …
Zukunftsorientiert hat das Athenäum im Jahr 2019 das innovative Projekt „Lernatelier“ ins Leben gerufen. Durch dieses Konzept wird das unterschiedliche Lerntempo einer Gruppe von Schülern in der Unterstufe berücksichtigt. Die Lehrperson übernimmt hier die Rolle eines Lernbegleiters.

Anfangs hatte Herr Camille ZACHARIAS die gesamte Leitung des Königlichen Athenäums unter sich. Mit zunehmender Größe der Schule wurde 1958 ein Schulleiter für die Grundschule eingesetzt: Herr Jean Nyssen.
Durch die Sprachengesetze von 1963 wurden die Sprachgrenzen festgelegt und ein Gebiet deutscher Sprache in Belgien umschrieben. Von nun an bezeichneten sich Mitglieder dieser Minderheit verstärkt als deutschsprachige Belgier.
Daher durfte man die Schüler nicht mehr gemeinsam unterrichten, die beiden Sprachabteilungen entstanden.
Herr Jean NYSSEN leitete die gesamte Grundschule, Herr Peiffer stand ihm zur Seite für die französischsprachige Abteilung. Nachdem Herr Peiffer Inspektor wurde übernahm für eine kurze Zeit Herr Nussbaum diese Aufgabe. Mitten im Schuljahr 1969-70 verließ Herr Nussbaum die Schule und Herr Georges Paulis wurde Interimsschulleiter.
Im Schuljahr 1970-71 endete der Samstagsunterricht.
Nach seiner definitiven Bezeichnung 1972 bekleidet er dieses Amt neben seiner Tätigkeit in der Klasse.
Erst 1979 leitete Herr Georges PAULIS die französischsprachige Abteilung ganztags als Schulleiter. Die Schüler sollten immer beide Sprachen voneinander lernen.

Bis 1981, in dem Jahr wo beide in den Ruhestand gingen, gab es eine sehr gute Zusammenarbeit, für beide standen die einzelnen Schüler im Vordergrund, sie waren stets einer Meinung und eine gut organisierte Schule präsentierte sich. Ihre Vorgehensweise zeugte von großer Empathie. Schon zu dieser Zeit wurden Klassenfahrten organisiert. Herr Paulis begleitete mit Freude die Ferienlager der Sekundarschule in Tirol.
Der Schulleiter Herr Jean NYSSEN (1958-81) wird noch lange im Gedächtnis bleiben. Er gehörte zu den Gründern der kulturellen Vereinigung „Beaux Spectacles Français“, die sich als Ziel setzte, die französische Sprache und Kultur in Eupen und Umgebung zu fördern. Noch heute besuchen die Schüler die von ihnen organisierten Vorführungen.
Herr Charles HILGERS übernahm die Leitung der deutschsprachigen Abteilung und Herr Joseph Job die französischsprachige.
Herrn Joseph JOB könnte man nicht besser als mit « Familienvater » umschreiben, er liebte es seine Kollegen um sich zu haben und achtete auf das Wohlergehen aller.
1992 verabschiedete Herr Job seinen Kollegen mit den lobenden Worten, er sei stets ehrfürchtig gegenüber den Kindern und den Lehrkräften gewesen. Stets habe er versucht die schulischen und familiären Schwierigkeiten und ihre Abwehrverhaltensweisen zu verstehen, um ihnen bestmöglich helfen zu können.

Frau Ina HAAG übernahm die Leitung der deutschsprachigen Abteilung und arbeitete Hand in Hand mit Herrn Job. Der erste Projektunterricht hielt seinen Einzug. Das Thema Integration als Pilotprojekt wurde initiiert, jedoch durch mangelndes Stundenkapital nicht weiter fortgesetzt.
In der Unterstufe entstanden die ersten Zeugnisse in Form von Entwicklungsbilanzen. Als Herr Job krankheitsbedingt ausfiel, hat Frau Ina Haag die Leitung alleine übernommen, sie wurde von Martine Blesgen unterstützt, stand jedoch vor der großen Herausforderung, die beiden Abteilungen zu führen.
Unter der Leitung von Herrn Elmar GRIES wurde die Zusammenführung der beiden Abteilungen fortgesetzt. Die Planung des Neubaus unter der Federführung des PrivatenPartnerchip entstand unter seiner Führung. Ein besonderes Ereignis war wohl der Besuch der damaligen Prinzessin und jetzigen Königin Mathilde im Rahmen der Unicef-Kampagne „Tag der Veränderung“.
Im Jahre 2012 übernahm Frau Karin Plumacher-Charlier die Leitung des KAEs. Direkt zu Beginn der Leitung stand der Umzug in die neuen Räumlichkeiten bevor. Die Teamarbeit hielt ebenfalls ihren Einzug.
Das Thema Förderpädagogik nahm einen größeren Stellenwert ein. Neben der Digitalisierung stehen die Methodenvielfalt und das selbstgesteuerte Lernen im Vordergrund. Alle Schüler egal welcher Nationalität sollen ihren Mitschülern mit Offenheit, Respekt und Toleranz begegen und so einen gemeinsamen Lernort prägen.